OmnipathR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OmnipathR

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OmnipathR。

OmniPath web服务客户端

Bioconductor版本:3.12

OmniPath web服务的客户端(https://www.omnipathdb.org)。它还包括函数变换和漂亮的打印一些下载的数据。

作者:阿尔贝托Valdeolivas (aut)aut,窝Turei (cre),阿提拉伽柏(aut)

维护人员:窝Turei < turei.denes gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OmnipathR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OmnipathR”)

HTML	R脚本	构建蛋白质网络使用OmnipathR药物靶点
HTML	R脚本	OmnipathR:效用函数与OmniPath R
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,DataRepresentation,GeneRegulation,GeneSignaling,GraphAndNetwork,网络,通路,软件,SystemsBiology,ThirdPartyClient
版本	2.0.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.0),igraph、图形方法,跑龙套,jsonlite
进口	dplyr统计数据,rlang,tidyr
链接
建议	dnet,gprofiler2,BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,ggplot2,ggraph
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/OmnipathR/
BugReports	https://github.com/saezlab/OmnipathR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OmnipathR_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	OmnipathR_2.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	OmnipathR_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OmnipathR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OmnipathR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OmnipathR/
包下载报告	下载数据