ORFik

DOI:10.18129 / B9.bioc.ORFik

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ORFik．

基因组学中的开放阅读框架

Bioconductor版本:3.12

R包用于分析转录本和翻译特征，通过操作序列数据和NGS数据，如Ribo-Seq, RNA-Seq, TCP-Seq和CAGE。从广义上讲，任何转录本区域都可以分析，正如其名称所暗示的那样，它是通过研究开放阅读框架(orf)上的核糖体模式作为其主要用例进行的。ORFik是通过使用c++，数据的非常快。表和GenomicRanges。包允许使用CAGE-Seq数据重新分配转录本的开始，自动转移RiboSeq读取，为整个基因组寻找开放阅读框架等等。

作者:Haakon Tjeldnes [aut, cre, dtc]， Kornel Labun [aut, cph]， Katarzyna Chyzynska [ctb, dtc]， Yamila Torres Cleuren [ctb, ths]， Evind Valen [ths, fnd]

维护者:Haakon Tjeldnes

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ORFik")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ORFik”)

超文本标记语言	R脚本	ORFik概述
超文本标记语言	R脚本	ORFik_Annotation_Alignment.html
超文本标记语言	R脚本	ORFik_Ribo-seq_pipeline.html
超文本标记语言	R脚本	ORFikExperiment.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，报道，DataImport，FunctionalGenomics，ImmunoOncology，RNASeq，RiboSeq，测序，软件
版本	1.10.13
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，IRanges(> = 2.17.1),GenomicRanges(> = 1.35.1),GenomicAlignments(> = 1.19.0)
进口	S4Vectors(> = 0.21.3),GenomeInfoDb(> = 1.15.5),GenomicFeatures(> = 1.31.10),AnnotationDbi(> = 1.45.0),rtracklayer(> = 1.43.0),Rcpp(> = 1.0.0),data.table(> = 1.11.8),Biostrings(> = 2.51.1),biomartr，BiocGenerics(> = 0.29.1),BiocParallel(> = 1.19.0),BSgenome，DESeq2(> = 1.24.0),ggplot2(> = 2.2.1),gridExtra(> = 2.3),cowplot(> = 1.0.0),GGally(>= 1.4.0)，方法(>= 3.6.0)R.utils，RCurl，Rsamtools(>= 1.35.0)， utils, stats，SummarizedExperiment(> = 1.14.0),置(> = 0.9.2),xml2(>= 1.2.0)，工具
链接	Rcpp
建议	testthat，rmarkdown，knitr，BiocStyle，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Roleren/ORFik
BugReports	https://github.com/Roleren/ORFik/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ORFik_1.10.13.tar.gz
Windows二进制	ORFik_1.10.13.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ORFik_1.10.13.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ORFik
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ORFik
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ORFik/
软件包下载报告	下载数据