OMICsPCA

DOI:10.18129 / B9.bioc.OMICsPCA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见OMICsPCA。

一个R包，用于从异质样本中定量整合和分析多个组学分析

Bioconductor版本:3.12

OMICsPCA是一个分析管道，旨在整合在不同主题(例如细胞系，个体)，治疗(例如疾病/控制)或时间点上进行的多组学实验，并从各种不同的角度和角度分析这些集成的数据。OMICsPCA的核心是利用主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)对不同来源的多组学实验进行整合，以整合后的数据为代表，克服数据不足的问题。OMICsPCA可用于各种应用，包括分析组学分析在不同样本/个体/时间点的总体分布;根据用户定义的条件分组分析;测定、变量或个体之间的变异来源、相似/不相似的识别。

作者:Subhadeep Das [aut, cre]， Sucheta Tripathy博士[ctb]

维护:Subhadeep Das

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("OMICsPCA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“OMICsPCA”)

超文本标记语言	R脚本	OMICsPCA
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion，BiomedicalInformatics，聚类，DataRepresentation，DimensionReduction，表观遗传学，EpigeneticsWorkflow，FunctionalGenomics，GUI，GeneticVariability，ImmunoOncology，MultipleComparison，PrincipalComponent，SingleCell，软件，转录，可视化，工作流
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)，OMICsPCAdata
进口	HelloRanges，fpc统计数据,MultiAssayExperiment，pdftools，方法，grDevices, utils，clValid，NbClust，cowplot，rmarkdown，kableExtra，rtracklayer，IRanges，GenomeInfoDb，reshape2，ggplot2，factoextra，rgl，corrplot，质量、图形、FactoMineR，PerformanceAnalytics，tidyr，data.table，集群，魔法
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	OMICsPCA_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	OMICsPCA_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	OMICsPCA_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OMICsPCA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OMICsPCA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OMICsPCA/
软件包下载报告	下载数据