诺斯

doi：10.18129/b9.bioc.norce

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅诺斯。

NORCE：非编码RNA设置顺式注释和富集

生物导体版本：3.12

虽然已经发现一些非编码RNA（NCRNA）在生物过程中起关键的调节作用，但大多数在功能上仍然没有表征。每当需要在功能上下文中分析一组有趣的NCRNA集时，这会提出挑战。位于基因组附近的转录本通常被调节，并且这种空间接近暗示功能关联。基于这个想法，我们提出了一个r软件包Norce，该软件包对给定的NCRNA进行了CIS富集分析。通过使用位于输入NCRNA的近端的编码基因的功能注释进行富集。NORCE允许合并其他生物学信息，例如拓扑关联域（TAD）区域，共表达模式和miRNA目标信息。NORCE存储库包括几个数据文件，例如细胞系特定TAD区域，功能基因集和癌症表达数据。此外，用户可以输入自定义数据文件。结果可以以表格格式检索或视为图。诺斯目前可用于以下物种：人，小鼠，大鼠，斑马鱼，果蝇，蠕虫和酵母。

作者：Gulden Olgun [AUT，CRE]

维护者：Gulden Olgun

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ norce”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Norce”）

html	R脚本	非编码RNA集顺式注释和富集
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	生物问题，，，，差异性，，，，去，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，基因数，，，，基因组组件，，，，软件
版本	1.2.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（1年）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	keggrest，，，，PNG，，，，dplyr，图形，rsqlite，，，，DBI，，，，花花公子，grdevices，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，Reactome.db，，，，rwikipathways，，，，rcurl，，，，dbplyr，utils，GGPLOT2，，，，Igraph，统计RESHAPE2，，，，readr，，，，go.db，，，，Zlibbioc，，，，Biomart，，，，rtracklayer，，，，iranges，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，AnnotationDbi
链接
建议	尼特，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.drerio.ucsc.danrer10.refgene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.dmelanogaster.ucsc.dm6.ensgene，，，，测试，，，，txdb.celegans.ucsc.ce11.refgene，，，，rmarkDown，，，，txdb.rnorvegicus.ucsc.rn6.refgene，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.mm.eg.db，，，，org.rn.eg.db，，，，org.hs.eg.db，，，，org.dr.eg.db，，，，生物基因，，，，org.sc.sgd.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.dm.eg.db， 方法
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/guldenolgun/norce/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	norce_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	norce_1.2.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	norce_1.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/norce
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/norce
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/norce/
软件包下载报告	下载统计