NarrowPeaks

DOI:10.18129 / B9.bioc.NarrowPeaks

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此包适用于Bioconductor 3.12版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见NarrowPeaks．

基于形状的基于功能主成分分析的ChIP-seq变异

Bioconductor版本:3.12

该软件包应用主成分分析(FPCA)的功能版本:(1)通过在一组读丰富的区域(ChIP-seq峰值)上应用FPCA，以摆动轨道格式的后处理数据，通常由通用ChIP-seq峰值调用者产生。这样做是为了研究峰的变异性，或缩短它们的基因组位置，以解释富集分数谱中给定比例的变异。(2)分析多个重复ChIP-seq样本之间的差异变异。“窄峰diff”函数量化了形状之间的差异，并对功能主成分评分使用霍特林的T2检验，以确定不同条件下的显著差异。Mateos, Madrigal, et al. (2015) Genome Biology: 16:31描述了该包对拟南芥数据集的应用。

作者:Pedro Madrigal <生物信息学。gmail.com>的工程师，Pawel Krajewski

维护者:Pedro Madrigal <生物信息学。gmail.com>的工程师

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，遗传学，测序，软件，转录，可视化
版本	1.34.0
在Bioconductor	BioC 2.10 (R-2.15)(9年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10.0)，样条
进口	BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，GenomeInfoDb，食品及药物管理局，CSAR，ICSNP
链接
建议	rtracklayer，BiocStyle，GenomicRanges，CSAR
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NarrowPeaks
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NarrowPeaks
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NarrowPeaks/
软件包下载报告	下载数据