此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见NanoMethViz.
Bioconductor版本:3.12
NanoMethViz是一个用于可视化牛津纳米孔测序甲基化数据的工具包。它可以用来探索来自牛津纳米孔直接DNA测序的甲基化模式,包括nanopolish, f5c和巨齿鲨。这个包中的图允许在实验组和基因组特征类别中聚合甲基化剖面的可视化。
作者:Shian Su [cre, aut]
维护者:Shian Su < Su。S at wehi.edu.au>
引文(从R内,输入引用(“NanoMethViz”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("NanoMethViz")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“NanoMethViz”)
超文本标记语言 | R脚本 | 导入数据 |
超文本标记语言 | R脚本 | 简介 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialMethylation,软件,可视化 |
版本 | 1.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
许可证 | Apache License (>= 2.0) |
取决于 | R(>= 4.0.0),方法,ggplot2 |
进口 | S4Vectors,SummarizedExperiment,bsseq,forcats,为了,AnnotationDbi,Rcpp,dplyr,data.table,e1071,fs,GenomicRanges,ggthemes,胶水,拼接而成,purrr,readr,rlang,RSQLite,Rsamtools,尺度统计数据,stringr,宠物猫,tidyr跑龙套,zlibbioc |
链接 | Rcpp |
建议 | DSS,Mus.musculus,Homo.sapiens,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | https://github.com/shians/NanoMethViz |
BugReports | https://github.com/Shians/NanoMethViz/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | NanoMethViz_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | NanoMethViz_1.0.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | NanoMethViz_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NanoMethViz |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/NanoMethViz |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/NanoMethViz/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |