MicrobiotaProcess

DOI:10.18129 / B9.bioc.MicrobiotaProcess

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MicrobiotaProcess。

R包进行分析,可视化和微生物的生物标志物的发现

Bioconductor版本:3.12

MicrobiotaProcess R包进行分析,可视化和生物标志物的发现微生物数据集。它支持计算α指数和提供功能可视化稀疏曲线。此外,它还支持丰富的可视化分类的样本。,它还提供了函数执行PCA, PCoA和分层聚类分析。此外,MicrobiotaProcess还提供了一个方法的生物标志物发现metagenome或其他数据集。

作者:Shuangbin徐(aut (cre),Guangchuang Yu (aut,施莱)

维护人员:徐Shuangbin < xshuangbin 163. com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MicrobiotaProcess”)

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文档

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HTML	R脚本	使用MicrobiotaProcess MicrobiotaProcess:基础分析。
HTML	R脚本	使用MicrobiotaProcess MicrobiotaProcess:生物标志物的发现。
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细节

biocViews	FeatureExtraction,微生物组,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(1年)
许可证	GPL (> = 3.0)
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	猿,plyr,tidyr,ggplot2,phyloseq,magrittr,dplyr,Biostrings,ggrepel,素食主义者,重塑,动物园,ggtree,tidytree,gtools,质量、方法、rlang,宠物猫,统计grDevices跑龙套,硬币,ggsignif,Rmisc,拼接而成,ggstar
链接
建议	DT,rmarkdown,prettydoc,treeio,tidyverse,testthat,knitr,nlme,phangorn,解读,randomForest,biomformat,尺度,yaml
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/MicrobiotaProcess/issues
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包档案

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源包	MicrobiotaProcess_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	MicrobiotaProcess_1.2.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	MicrobiotaProcess_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MicrobiotaProcess
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MicrobiotaProcess
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MicrobiotaProcess/
包下载报告	下载数据