MetNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetNet

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MetNet

从非定向高分辨率质谱数据推断代谢网络

Bioconductor版本:3.12

MetNet包含从定量数据和高分辨率质量/电荷信息推断代谢网络拓扑的功能。使用统计模型(包括相关、互信息、回归和贝叶斯统计)和定量数据(特征的强度值)推断出邻接矩阵,可以组合成共识矩阵。特征的质量/电荷值之间计算的质量差将与提供的质量/电荷差的数据帧相匹配,参考酶活性的转换。在第三步中,将两个矩阵结合起来,形成从定量和结构信息推断出的邻接矩阵。

作者:Thomas Naake [aut, cre]

维护者:Thomas Naake

引文(从R内,输入引用(“MetNet”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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超文本标记语言 R脚本 高分辨率代谢组学数据工作流
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文本 新闻

细节

biocViews ImmunoOncologyMassSpectrometry代谢组学网络回归软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2.5年)
许可证 GPL (>= 3)
取决于 R (>= 3.6)
进口 bnlearn(> = 4.3),BiocParallel(> = 1.12.0),GENIE3(>= 1.7.0),方法(>= 3.5)mpmi(> = 0.42),parmigene(> = 1.0.2中),ppcor(> = 1.1),系统网络体系结构(sna)(> = 2.4),刺穿了(>= 0.6),统计(>= 3.6)
链接
建议 BiocGenerics(> = 0.24.0),BiocStyle(> = 2.6.1),glmnet-18年(> = 2.0),igraph(> = 1.1.2),knitr(> = 1.11),rmarkdown(> = 1.15),testthat(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包 MetNet_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 MetNet_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MetNet_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetNet
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetNet
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MetNet/
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