MesKit

DOI:10.18129 / B9.bioc.MesKit

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MesKit。

剖析癌症演化的工具多区通过体细胞变化派生肿瘤活检

Bioconductor版本:3.12

MesKit提供常用的分析和可视化模块基于突变由多区生成的数据序列(夫人)。这个包可以描绘突变信息,测量从同一个病人之间及其内部的异质性肿瘤,跟踪进化动力学,以及描述突变模式在不同的水平。闪亮的应用程序也需要开发的基于gui的分析。作为一个方便的工具,MesKit可以促进肿瘤异质性的解释和理解夫人地区之间的进化关系的研究。

作者:刘Mengni (aut (cre),陈Jianyu (aut,施莱)鑫,王(aut,施莱)

维护人员:Mengni刘< niinleslie gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MesKit”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“MesKit”)

HTML	R脚本	分析和可视化多区Whole-exome测序数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	方法,data.table,Biostrings,dplyr,tidyr(> = 1.0.0),猿(> = 5.4.1之前),ggrepel,pracma,ggridges,AnnotationDbi,IRanges,circlize,cowplot,mclust,phangorn,ComplexHeatmap(> = 1.9.3),ggplot2,RColorBrewer,统计grDevices跑龙套,S4Vectors
链接
建议	闪亮的,knitr,rmarkdown,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),org.Hs.eg.db,clusterProfiler,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MesKit_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	MesKit_1.0.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	MesKit_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MesKit
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MesKit
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MesKit/
包下载报告	下载数据