Maaslin2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Maaslin2

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Maaslin2。

Maaslin2

Bioconductor版本:3.12

MaAsLin2全面R方案有效地确定多变量临床微生物元'omic元数据和特征之间的联系。MaAsLin2依赖于一般线性模型,以适应大多数现代流行病学研究设计,包括横向和纵向,并提供各种数据探索、规范化和转换方法。MaAsLin2 MaAsLin下一代。

作者:Himel Mallick (aut),阿里Rahnavard (aut),劳伦McIver (aut (cre)

维护人员:劳伦McIver < lauren.j。在gmail.com mciver >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Maaslin2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“Maaslin2”)

HTML	R脚本	MaAsLin2
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	宏基因组,微生物组,归一化,软件
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	robustbase,biglm,pcaPP,刨边机,metagenomeSeq,lpsymphony,pbapply,车,dplyr,素食主义者,化学计量学,ggplot2,pheatmap,日志记录,data.table,lmerTest,哈希,optparse,MuMIn,统计grDevices跑龙套,glmmTMB,质量,cplm,pscl
链接
建议	knitr,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin2
BugReports	https://github.com/biobakery/maaslin2/issues
取决于我
进口我	MMUPHin
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Maaslin2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	Maaslin2_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	Maaslin2_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Maaslin2
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Maaslin2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Maaslin2/
包下载报告	下载数据