MSnbase

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnbase

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MSnbase。

基函数和类质谱和蛋白质组学

Bioconductor版本:3.12

MSnbase为操作提供了基础设施,处理和可视化的质谱和蛋白质组学数据,从原始到定量和注释的数据。

作者:Laurent与约翰Rainer和塞巴斯蒂安·吉布的贡献Guangchuang Yu Samuel Wieczorek Vasile-Cosmin Lazar,弗拉季斯拉夫•Petyuk——托马斯•Naake里奇棉花,Arne史密特,玛蒂娜·费舍尔,大家Goeminne, Adriaan贴纸和列文克莱门特。

维修工:Laurent与<劳伦。与在uclouvain.be >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MSnbase”)

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文档

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browseVignettes (“MSnbase”)

HTML	R脚本	一个简短的介绍“MSnbase”发展
HTML	R脚本	基函数和类MS-based蛋白质组学
HTML	R脚本	MSnbase基准测试
HTML	R脚本	MSnbase IO功能
HTML	R脚本	MSnbase:女士概要分析模式数据的质心
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,基础设施,MassSpectrometry,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	2.16.1
Bioconductor自	BioC 2.8 (r - 2.13)(10年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.5),方法,BiocGenerics(> =是0.7.1),Biobase(> = 2.15.2),mzR(> = 2.19.6),S4Vectors,ProtGenerics(> = 1.19.3)
进口	BiocParallel,IRanges(> = 2.13.28),plyr,preprocessCore,vsn、网格、stats4affy,嫁祸于,pcaMethods,MALDIquant(> = 1.16),mzID(> = 1.5.2),消化,晶格,ggplot2,XML,尺度,质量,Rcpp
链接	Rcpp
建议	testthat,pryr,gridExtra,微基准测试,动物园,knitr(> = 1.1.0),的方式,Rdisop,pRoloc,pRolocdata(> = 1.7.1上),msdata(> = 0.19.3),roxygen2,rgl,rpx,AnnotationHub,BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown,imputeLCMD,规范,gplots,闪亮的,magrittr,SummarizedExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://lgatto.github.io/MSnbase
BugReports	https://github.com/lgatto/MSnbase/issues
取决于我	自动调谐,MetCirc,msmsEDA,msmsTests,pRoloc,pRolocdata,pRolocGUI,蛋白质组学,qPLEXanalyzer,RforProteomics,synapter,xcms
进口我	cliqueMS,CluMSID,DAPAR,DAPARdata,部,MSnID,MSstatsQC,peakPantheR,POMA,王子,ProteomicsAnnotationHubData,qPLEXdata,RMassBank,topdownr
建议我	AnnotationHub,biobroom,BiocGenerics,等压线,msdata,proDA,qcmetrics,个字
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MSnbase_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	MSnbase_2.15.7.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	MSnbase_2.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnbase
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MSnbase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnbase/
包下载报告	下载数据