MSnID

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnID

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MSnID．

LC-MSn蛋白质组鉴定可信度的探索和评估实用程序

Bioconductor版本:3.12

从mzIdentML(利用mzID包)或文本文件中提取MS/MS ID数据。在整理来自多个数据集的搜索结果后，它评估它们的识别质量并优化过滤条件，以实现识别的最大数量，同时不超过指定的错误发现率。还包含了一些实用工具来探索MS/MS结果，并评估错过和不规则的酶切割，质量测量精度等。

作者:Vlad Petyuk，由Laurent Gatto贡献

维护者:Vlad Petyuk < Petyuk at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSnID")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MSnID”)

PDF	R脚本	使用MSnID处理修改
PDF	R脚本	用于处理MS/MS标识的MSnID包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，Rcpp
进口	MSnbase(> = 1.12.1),mzID(> = 1.3.5),R.cache，foreach，doParallel，并行，方法，迭代器，data.table，Biobase，ProtGenerics，reshape2，dplyr，mzR，BiocStyle，msmsTests，ggplot2，RUnit，BiocGenerics，Biostrings，purrr，rlang，stringr，宠物猫，AnnotationHub，AnnotationDbi，xtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	蛋白质组学
进口我
建议我	RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MSnID_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	MSnID_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	MSnID_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnID
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSnID
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MSnID/
软件包下载报告	下载数据