MSnID

DOI:10.18129 / B9.bioc.MSnID

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MSnID

LC-MSn蛋白质组鉴定可信度的探索和评估实用程序

Bioconductor版本:3.12

从mzIdentML(利用mzID包)或文本文件中提取MS/MS ID数据。在整理来自多个数据集的搜索结果后,它评估它们的识别质量并优化过滤条件,以实现识别的最大数量,同时不超过指定的错误发现率。还包含了一些实用工具来探索MS/MS结果,并评估错过和不规则的酶切割,质量测量精度等。

作者:Vlad Petyuk,由Laurent Gatto贡献

维护者:Vlad Petyuk < Petyuk at gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“MSnID”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSnID")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MSnID”)

PDF R脚本 使用MSnID处理修改
PDF R脚本 用于处理MS/MS标识的MSnID包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ImmunoOncologyMassSpectrometry蛋白质组学软件
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),Rcpp
进口 MSnbase(> = 1.12.1),mzID(> = 1.3.5),R.cacheforeachdoParallel,并行,方法,迭代器data.tableBiobaseProtGenericsreshape2dplyrmzRBiocStylemsmsTestsggplot2RUnitBiocGenericsBiostringspurrrrlangstringr宠物猫AnnotationHubAnnotationDbixtable
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 蛋白质组学
进口我
建议我 RforProteomics
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MSnID_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 MSnID_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) MSnID_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnID
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSnID
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MSnID/
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