MMAPPR2

DOI:10.18129 / B9.bioc.MMAPPR2

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MMAPPR2

聚合RNA-Seq突变映射分析管道

Bioconductor版本:3.12

MMAPPR2映射从正向遗传筛选的F2交叉中汇集的RNA-seq数据产生的突变。它的前身在《基因组研究》(Genome Research, Hill et al. 2013)上发表的一篇论文中有描述。MMAPPR2接受对齐的BAM文件以及参考基因组作为输入,识别对照RNA序列和突变RNA序列之间高序列差异的位点,使用Ensembl's variant Effect Predictor预测变异效应,并输出候选突变的排序列表。

作者:Kyle Johnsen [aut], Nathaniel Jenkins [aut], Jonathon Hill [cre]

维护者:Jonathon Hill

引文(从R内,输入引用(“MMAPPR2”)):

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MMAPPR2")

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文档

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browseVignettes(“MMAPPR2”)

超文本标记语言 R脚本 MMAPPR2简介
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文本 新闻

细节

biocViews DNASeqPooledScreensRNASeq软件VariantDetection
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 ensemblVEP(> = 1.20.0),gmapRRsamtoolsVariantAnnotationBiocParallelBiobaseBiocGenericsdplyrGenomeInfoDbGenomicRangesIRangesS4VectorstidyrVariantToolsmagrittr,方法,grDevices,图形,统计,utils,stringrdata.table
链接
建议 testthat嘲笑roxygen2knitrrmarkdownBiocStyleMMAPPR2data
SystemRequirements Ensembl副总裁,Samtools
增强了
URL https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3613585/https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2
BugReports https://github.com/kjohnsen/MMAPPR2/issues
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源包 MMAPPR2_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) MMAPPR2_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MMAPPR2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MMAPPR2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MMAPPR2/
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