米拉
DOI:10.18129 / B9.bioc.MIRA
此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见米拉．
甲基化调控活性的推断
Bioconductor版本:3.12
DNA甲基化包含细胞调节状态的信息。MIRA将基因组规模的DNA甲基化数据聚合到具有共享生物注释的给定区域集的DNA甲基化配置文件中。MIRA使用该配置文件推断并对区域集的集体调节活动进行评分。MIRA有助于在传统调控分析困难的情况下进行调控分析，并允许利用区域集的公共来源对DNA甲基化数据集的调控状态进行新颖的洞察。
作者:Nathan Sheffield
维护者:John Lawson
引文(从R内，输入引用(“米拉”))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MIRA")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“米拉”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | MIRA在生物学问题中的应用 |
| 超文本标记语言 | R脚本 | 以甲基化为基础的调控活性推断 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq，报道，DNAMethylation，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneRegulation，GenomeAnnotation，ImmunoOncology，MethylSeq，测序，软件，SystemsBiology |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (>= 3.5) |
| 进口 | BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，data.table，ggplot2，Biobase统计数据,bsseq、方法 |
| 链接 | |
| 建议 | knitr平行,testthat，BiocStyle，rmarkdown，AnnotationHub，萝拉 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://databio.org/mira |
| BugReports | https://github.com/databio/MIRA |
| 全靠我 | |
| 进口我 | 可可 |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | MIRA_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | MIRA_1.12.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | MIRA_1.12.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MIRA |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MIRA |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MIRA/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
