MACPET

DOI:10.18129 / B9.bioc.MACPET

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MACPET。

基于模型的配对端数据分析

Bioconductor版本:3.12

MACPET包可用于ChIA-PET数据的完整相互作用分析。MACPET读取BAM或SAM格式的ChIA-PET数据，并将数据分离为Self-ligated, Intra-和Inter-chromosomal pet。此外，MACPET将基因组分解成区域，并应用2D混合模型，使用倾斜的广义学生-t分布(SGT)识别候选峰/结合位点。然后使用局部泊松模型来寻找重要的结合位点。最后，它运行一个附加交互分析模型来调用这些峰值之间的显著交互。MACPET主要是用c++编写的，它还支持BiocParallel包。

作者:Ioannis Vardaxis

维护者:Ioannis Vardaxis

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MACPET”)

PDF	R脚本	MACPET
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，DNA3DStructure，嗝，PeakDetection，软件，StatisticalMethod
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.1)，InteractionSet(> = 1.13.0),bigmemory(> = 4.5.33),黑洞(> = 1.66.0.1),Rcpp(> = 1.0.1)
进口	时间间隔(> = 0.15.1),plyr(> = 1.8.4),Rsamtools(> = 2.1.3),数据(> = 3.6.1),跑龙套(> = 3.6.1)、方法(> = 3.6.1),GenomicRanges(> = 1.37.14),S4Vectors(> = 0.23.17),IRanges(> = 2.19.10),GenomeInfoDb(> = 1.21.1),gtools(> = 3.8.1),GenomicAlignments(> = 1.21.4),knitr(> = 1.23),rtracklayer(> = 1.45.1),BiocParallel(> = 1.19.0),Rbowtie(> = 1.25.0),GEOquery(> = 2.53.0),Biostrings(> = 2.53.2),ShortRead(> = 1.43.0),futile.logger(> = 3)
链接	Rcpp，bigmemory，黑洞
建议	ggplot2(> = 3.2.0),igraph(> = 1.2.4.1),rmarkdown(> = 1.14),reshape2(> = 3),BiocStyle(> = 2.13.2)
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MACPET_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	MACPET_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	MACPET_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MACPET
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MACPET
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MACPET/
软件包下载报告	下载数据