Linnorm

DOI:10.18129 / B9.bioc.Linnorm

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见Linnorm．

基于线性模型和正态性的归一化和变换方法(Linnorm)

Bioconductor版本:3.12

Linnorm是一种用于规范化和转换RNA-seq、单细胞RNA-seq、ChIP-seq计数数据或任何大规模计数数据的算法。本文已由Tian等人在Nature Methods (https://doi.org/10.1038/s41592-019-0425-8)上独立审阅。Linnorm可以使用原始计数，CPM, RPKM, FPKM和TPM。

作者:叶顺航，王潘文， Jean-Pierre Kocher ， Pak Chung Sham

维护者:Ken Shun Hang Yip

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“Linnorm”)

PDF	R脚本	Linnorm用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BatchEffect，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，遗传学，ImmunoOncology，网络，归一化，PeakDetection，RNASeq，测序，SingleCell，软件，转录
版本	2.14.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.12.2),RcppArmadillo(> = 0.8.100.1.0),fpc，素食主义者，mclust，apcluster，ggplot2，椭圆，limma跑龙套,statmod，质量，igraph， grDevices，图形，fastcluster，ggdendro，动物园统计数据,北极监测和评估方案，Rtsne，gmodels
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，gplots，RColorBrewer，时刻，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1093/nar/gkx828
全靠我
进口我	mnem
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	Linnorm_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	Linnorm_2.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	Linnorm_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Linnorm
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/Linnorm
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Linnorm/
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