KEGGgraph

DOI:10.18129 / B9.bioc.KEGGgraph

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见KEGGgraph

KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图形方法

Bioconductor版本:3.12

KEGGGraph是KEGG路径和图形对象之间的接口,也是用于分析、解析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML (KEGG XML)文件解析为维护所有基本路径属性的图模型。该软件包提供了包括解析、图形操作、可视化等功能。

作者:张季涛,Paul Shannon撰稿

维护者:Jitao David Zhang

引文(从R内,输入引用(“KEGGgraph”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“KEGGgraph”)

PDF R脚本 KEGGgraph应用实例
PDF R脚本 KEGGgraph: KEGG路径的图形方法
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GraphAndNetworkKEGG通路软件可视化
版本 1.50.0
在Bioconductor BioC 2.4 (R-2.9)(12年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.10.0)
进口 方法,XML(2.3 > = 0),跑龙套,RCurl
链接
建议 RgraphvizRBGLtestthatRColorBrewerKEGG.dborg.Hs.eg.dbhgu133plus2.dbSPIA
SystemRequirements
增强了
URL http://www.nextbiomotif.com
全靠我 ROntoToolsSPIA
进口我 限幅器DEGraphEnrichmentBrowserKEGGlincsMetaboSignalMWASToolsNCIgraphpathview
建议我 DEGraphGenomicRanges
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 KEGGgraph_1.50.0.tar.gz
Windows二进制 KEGGgraph_1.50.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) KEGGgraph_1.50.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGgraph
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/KEGGgraph
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGgraph/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网