此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见KEGGgraph.
Bioconductor版本:3.12
KEGGGraph是KEGG路径和图形对象之间的接口,也是用于分析、解析和可视化这些图形的工具集合。它将定期更新的KGML (KEGG XML)文件解析为维护所有基本路径属性的图模型。该软件包提供了包括解析、图形操作、可视化等功能。
作者:张季涛,Paul Shannon撰稿
维护者:Jitao David Zhang
引文(从R内,输入引用(“KEGGgraph”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“KEGGgraph”)
R脚本 | KEGGgraph应用实例 | |
R脚本 | KEGGgraph: KEGG路径的图形方法 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GraphAndNetwork,KEGG,通路,软件,可视化 |
版本 | 1.50.0 |
在Bioconductor | BioC 2.4 (R-2.9)(12年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R (>= 2.10.0) |
进口 | 方法,XML(2.3 > = 0),图跑龙套,RCurl |
链接 | |
建议 | Rgraphviz,RBGL,testthat,RColorBrewer,KEGG.db,org.Hs.eg.db,hgu133plus2.db,SPIA |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.nextbiomotif.com |
全靠我 | ROntoTools,SPIA |
进口我 | 限幅器,DEGraph,EnrichmentBrowser,KEGGlincs,MetaboSignal,MWASTools,NCIgraph,pathview |
建议我 | DEGraph,GenomicRanges |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | KEGGgraph_1.50.0.tar.gz |
Windows二进制 | KEGGgraph_1.50.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | KEGGgraph_1.50.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/KEGGgraph |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/KEGGgraph |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/KEGGgraph/ |
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