JunctionSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.JunctionSeq

这个包裹是弃用．它可能会从Bioconductor中移除。详情请参阅一揽子生命结束指南更多信息。

此包适用于Bioconductor的3.12版本。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见JunctionSeq．

JunctionSeq:一个用于检测RNA-Seq数据中差异外显子和剪切结使用的实用程序

Bioconductor版本:3.12

RNA-Seq数据中差分外显子或剪接结使用的检测和可视化工具。

作者:Stephen Hartley [aut, cre](博士)，Simon Anders [cph]， Alejandro Reyes [cph]

维护人员:Stephen Hartley

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("JunctionSeq")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件
版本	1.20.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	文件许可
取决于	R(>= 3.2.2)，方法，SummarizedExperiment(> = 0.2.0),Rcpp(> = 0.11.0)它,RcppArmadillo(> = 0.3.4.4)
进口	DESeq2(> = 1.10.0),statmod，Hmisc，plotrix，stringr，Biobase(> = 2.30.0),locfit，BiocGenerics(> = 0.7.5),BiocParallel，genefilter，geneplotter，S4Vectors，IRanges，GenomicRanges
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	质量，knitr，JctSeqData，BiocStyle
SystemRequirements
增强了	开罗，pryr
URL	http://hartleys.github.io/JunctionSeq/index.html
BugReports	https://github.com/hartleys/JunctionSeq/issues
全靠我
进口我	PathwaySplice
建议我	JctSeqData，snapcount
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/JunctionSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/JunctionSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/JunctionSeq/
软件包下载报告	下载数据