IsoformSwitchAnalyzeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.IsoformSwitchAnalyzeR

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见IsoformSwitchAnalyzeR

从短读和长读RNA-seq数据识别,注释和可视化具有功能后果的替代剪接和异构体开关。

Bioconductor版本:3.12

IsoformSwitchAnalyzeR可以通过Kallisto、Salmon、Cufflinks/Cuffdiff、RSEM等工具对所有类型的RNASeq进行量化,从而识别和分析可选择的剪接和isoform开关,并预测功能后果(例如蛋白质结构域的获得/丢失等)。

作者:Kristoffer Vitting-Seerup

维护者:Kristoffer Vitting-Seerup 上浇浇

引文(从R内,输入引用(“IsoformSwitchAnalyzeR”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("IsoformSwitchAnalyzeR")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“IsoformSwitchAnalyzeR”)

超文本标记语言 R脚本 IsoformSwitchAnalyzeR
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文本 新闻

细节

biocViews AlternativeSplicing注释BatchEffectBiomedicalInformaticsDataImportDifferentialExpressionDifferentialSplicingFunctionalGenomicsFunctionalPredictionGeneExpressionGenePredictionImmunoOncologyMultipleComparisonRNASeq软件StatisticalMethodSystemsBiology转录TranscriptomeVariant转录组可视化
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.5),limmaDEXSeqggplot2
进口 方法,BSgenomeplyrreshape2gridExtraBiostrings(> = 2.50.0),IRangesGenomicRangesDRIMSeqRColorBrewerrtracklayer维恩图DBI, grDevices,图形,统计,utils,GenomeInfoDb、网格tximport(> = 1.7.1上),tximeta(> = 1.7.12),刨边机futile.loggerstringrdplyrmagrittrreadr宠物猫XVectorBiocGenericsRCurl
链接
建议 knitrBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19腰带
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/
BugReports https://github.com/kvittingseerup/IsoformSwitchAnalyzeR/issues
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包档案

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源包 IsoformSwitchAnalyzeR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 IsoformSwitchAnalyzeR_1.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) IsoformSwitchAnalyzeR_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/IsoformSwitchAnalyzeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/IsoformSwitchAnalyzeR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/IsoformSwitchAnalyzeR/
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