这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅InterMineR。
Bioconductor版本:3.12
数据库基于InterMine平台如FlyMine modMine (modENCODE) RatMine, YeastMine, HumanMine和TargetMine集成数据库的基因,表达和蛋白质为各种生物数据。集成数据可以运行复杂的数据挖掘查询跨域的生物知识。这个R包提供了与这些数据库通过web服务接口。它使大多数的通信数据帧对象在R和表对象数据库,而隐藏的细节通过XML或JSON数据交换。
作者:宾王,瑞秋•莱恩,朱莉·沙利文Konstantinos Kyritsis,西莉亚桑切斯
维护人员:InterMine团队< r。•莱恩在gen.cam.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“InterMineR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“InterMineR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“InterMineR”)
HTML | R脚本 | InterMineR装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | AlternativeSplicing,ComparativeGenomics,DifferentialExpression,FunctionalGenomics,FunctionalPrediction,去,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,GenomeAnnotation,GenomeWideAssociation,KEGG,微阵列,MultipleComparison,通路,蛋白质组学,Reactome,单核苷酸多态性,软件,SystemsBiology,可视化 |
版本 | 1.12.3 |
Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(3.5年) |
许可证 | LGPL |
取决于 | R (> = 3.4.1) |
进口 | Biostrings,RCurl,XML,xml2,RJSONIO,sqldf,igraph,httr,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,SummarizedExperiment、方法 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,Gviz,knitr,rmarkdown,GeneAnswers,GO.db,org.Hs.eg.db |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
BugReports | https://github.com/intermine/intermineR/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | InterMineR_1.12.3.tar.gz |
Windows二进制 | InterMineR_1.12.3.zip |
macOS 10.13(高山脉) | InterMineR_1.12.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InterMineR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ InterMineR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/InterMineR/ |
包下载报告 | 下载数据 |