InPAS

DOI:10.18129 / B9.bioc.InPAS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见InPAS．

InPAS:一种生物导体包，用于使用RNA-seq数据识别新的替代聚腺苷酸位点(PAS)

Bioconductor版本:3.12

选择性聚腺苷酸化(APA)是一种重要的转录后调控机制，在大多数人类基因中都有发生。InPAS有助于从RNA-Seq数据中发现新的APA位点和APA位点的差异使用。它利用cleanUpdTSeq通过去除由于内部启动引起的错误位点来微调已识别的APA位点。

作者:欧建宏，朴圣美，Michael R. Green，朱丽华

维护者:欧建宏<建宏。ou at duke.edu>，朱丽华朱莉<朱莉。在umassmed.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("InPAS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“InPAS”)

超文本标记语言	R脚本	InPAS装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,报道,DifferentialSplicing,GeneRegulation,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.1)，方法，Biobase,GenomicRanges,GenomicFeatures,S4Vectors
进口	AnnotationDbi,BSgenome,cleanUpdTSeq,Gviz,seqinr,preprocessCore,IRanges,GenomeInfoDb,depmixS4,limma,BiocParallel
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,rtracklayer,knitr
SystemRequirements
增强了
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进口我
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构建报告

包档案

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源包	InPAS_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	InPAS_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	InPAS_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/InPAS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/InPAS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/InPAS/
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