ImpulseDE2

DOI:10.18129 / B9.bioc.ImpulseDE2

这个包裹是弃用．它可能会从Bioconductor中移除。详情请参阅包装寿命终止指南获取更多信息。

此包适用于Bioconductor 3.12版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本，请参见ImpulseDE2．

纵向计数数据集的差分表达式分析

Bioconductor版本:3.12

impulse sede2是一种针对RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq、DNaseI-seq等测序实验中出现的纵向计数数据集的差分表达算法。impulse sede2基于DESeq2离散趋势平滑的负二项式噪声模型，利用脉冲模型约束每个基因的平均表达轨迹。根据经验，脉冲模型适合环境和发育刺激后细胞的整体表达变化，因此适用于大多数细胞生物学场景。对平均表达式轨迹的约束可以防止对小表达式波动的过拟合。其次，由于参数数量固定，当采样时间点超过6个时，impulse sede2比基于广义线性模型的拟合时间为类别变量的微分表达式算法具有更高的统计检验能力。

作者:David S Fischer [aut, cre]， Fabian J Theis [ctb]， Nir Yosef [ctb]

维护者:David S Fischer < David。Fischer在helmholtz-muenchen.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays，CellBiology，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，测序，软件，StatisticalMethod，TimeCourse
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	Biobase，BiocParallel，ComplexHeatmap，circlize编译器,cowplot，DESeq2，ggplot2grDevices,knitr，矩阵、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/YosefLab/ImpulseDE2/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ImpulseDE2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ impulse sede2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ImpulseDE2/
软件包下载报告	下载数据