ISAnalytics

DOI:10.18129 / B9.bioc.ISAnalytics

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ISAnalytics．

分析基因治疗载体插入位点数据，从基因组学下一代测序读取克隆跟踪研究

Bioconductor版本:3.12

在基因治疗中，干细胞使用病毒载体进行修饰，以传递治疗性转基因并替换功能特性，因为基因修饰是稳定的，并在所有细胞子代中遗传。病毒-宿主DNA连接两侧序列的检索和映射允许识别插入位点(IS)，这对于监测体内转基因细胞的进化至关重要。需要一个全面的IS分析工具包来促进克隆跟踪研究，并支持体内安全性和长期疗效的评估。该软件包旨在(1)支持is工作流程的自动化，(2)执行is跟踪的基础和高级分析(克隆丰度，克隆扩增和插入突变的统计等)，(3)提供体内转导干细胞的基本生物学见解。

作者:Andrea Calabria [aut, cre]， Giulio Spinozzi [aut]， Giulia Pais [aut]

维护者:Andrea Calabria < Calabria。Andrea在hsr.it>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ISAnalytics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ISAnalytics”)

超文本标记语言	R脚本	碰撞消除功能
超文本标记语言	R脚本	如何使用导入函数
超文本标记语言	R脚本	使用ISAnalytics而不支持RStudio
超文本标记语言	R脚本	使用聚合函数
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics，测序，SingleCell，软件
版本	1.0.11
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	Cc乘4.0
取决于	R (>= 4.0)，magrittr
进口	跑龙套,reactable，htmltools，dplyr，readr，tidyr，purrr，rlang，forcats，宠物猫，BiocParallel，stringr，fs，邮政编码，lubridate，生命周期，ggplot2，ggrepel统计数据,upsetjs，心理grDevices,data.table，readxl、工具
链接
建议	testthat，covr，knitr，BiocStyle，knitcitations，sessioninfo，rmarkdown，roxygen2，素食主义者，withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://calabrialab.github.io/ISAnalyticshttps://github.com//calabrialab/isanalytics
BugReports	https://github.com/calabrialab/ISAnalytics/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ISAnalytics_1.0.11.tar.gz
Windows二进制	ISAnalytics_1.0.11.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ISAnalytics_1.0.11.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ISAnalytics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ISAnalytics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ISAnalytics/
软件包下载报告	下载数据