HiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCcompare

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见HiCcompare

HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析

Bioconductor版本:3.12

HiCcompare提供了多个Hi-C数据集的联合归一化和差异检测功能。HiCcompare以染色体特异性染色质相互作用矩阵的形式对处理过的Hi-C数据进行操作。它接受三列制表符分隔的文本文件,以稀疏矩阵格式存储染色质相互作用矩阵,可以从多个来源获得。HiCcompare的设计目的是让用户能够在不同生物状态下对细胞基因组的三维结构进行比较分析。“HiCcompare”不同于其他试图比较Hi-C数据的包,因为它处理染色质相互作用矩阵格式的处理数据,而不是预处理的测序数据。此外,“HiCcompare”提供了一种非参数方法,用于联合归一化和去除两个Hi-C数据集之间的偏差,以便进行比较分析。“HiCcompare”还提供了一种简单而可靠的方法来检测Hi-C数据集之间的差异。

作者:John Stansfield , Kellen Cresswell , Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

维护者:John Stansfield , Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

引文(从R内,输入引用(“HiCcompare”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HiCcompare")

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文档

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browseVignettes(“HiCcompare”)

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 归一化测序软件
版本 1.12.0
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.4.0),dplyr
进口 data.tableggplot2gridExtramgcv统计数据,InteractionSetGenomicRangesIRangesS4VectorsBiocParallelQDNAseqKernSmooth,方法,utils,图形,pheatmapgtoolsrhdf5
链接
建议 knitrrmarkdowntestthatmultiHiCcompare
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare
BugReports https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare/issues
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源包 HiCcompare_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 HiCcompare_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) HiCcompare_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCcompare
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiCcompare
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/HiCcompare/
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