HiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.HiCcompare

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见HiCcompare．

HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析

Bioconductor版本:3.12

HiCcompare提供了多个Hi-C数据集的联合归一化和差异检测功能。HiCcompare以染色体特异性染色质相互作用矩阵的形式对处理过的Hi-C数据进行操作。它接受三列制表符分隔的文本文件，以稀疏矩阵格式存储染色质相互作用矩阵，可以从多个来源获得。HiCcompare的设计目的是让用户能够在不同生物状态下对细胞基因组的三维结构进行比较分析。“HiCcompare”不同于其他试图比较Hi-C数据的包，因为它处理染色质相互作用矩阵格式的处理数据，而不是预处理的测序数据。此外，“HiCcompare”提供了一种非参数方法，用于联合归一化和去除两个Hi-C数据集之间的偏差，以便进行比较分析。“HiCcompare”还提供了一种简单而可靠的方法来检测Hi-C数据集之间的差异。

作者:John Stansfield ， Kellen Cresswell ， Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

维护者:John Stansfield ， Mikhail Dozmorov < Mikhail。vcuhealth.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("HiCcompare")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“HiCcompare”)

超文本标记语言	R脚本	HiCcompare用法小插图
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	嗝，归一化，测序，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)，dplyr
进口	data.table，ggplot2，gridExtra，mgcv统计数据,InteractionSet，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocParallel，QDNAseq，KernSmooth，方法，utils，图形，pheatmap，gtools，rhdf5
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，multiHiCcompare
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare
BugReports	https://github.com/dozmorovlab/HiCcompare/issues
全靠我
进口我	multiHiCcompare，SpectralTAD，TADCompare
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	HiCcompare_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	HiCcompare_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	HiCcompare_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HiCcompare
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HiCcompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HiCcompare/
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