HDF5Array

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDF5Array

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HDF5Array。

HDF5 DelayedArray对象的后端

Bioconductor版本:3.12

实现了HDF5Array和TENxMatrix类2方便和节约内存数组类HDF5的磁盘上表示数据集的容器。HDF5Array是使用传统的数据集(即密度)HDF5表示。TENxMatrix使用HDF5-based稀疏矩阵表示的是数据集从10 x基因(如130万脑细胞数据集)。这两个集装箱被DelayedArray扩展,支持所有操作支持DelayedArray对象。这些操作可以是推迟或block-processed。

作者:Herve页面

维护人员:< hpages.on Herve页面。github在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HDF5Array”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,报道,DataImport,DataRepresentation,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,基础设施,RNASeq,测序,SingleCell,软件
版本	1.18.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 3.4),方法,DelayedArray(> = 0.15.16),rhdf5(> = 2.31.6)
进口	跑龙套、统计数据、工具,矩阵,BiocGenerics(> = 0.31.5),S4Vectors,IRanges
链接	S4Vectors(> = 0.27.13),Rhdf5lib
建议	BiocParallel,GenomicRanges,SummarizedExperiment(> = 1.15.1),h5vcData,ExperimentHub,TENxBrainData,GenomicFeatures,BiocStyle
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array
BugReports	https://github.com/Bioconductor/HDF5Array/issues
取决于我	GenoGAM,TENxBrainData,TENxPBMCData
进口我	biscuiteer,bsseq,clusterExperiment,curatedTCGAData,DelayedMatrixStats,DropletUtils,弗雷泽,GenomicScores,glmGamPoi,HCAData,LoomExperiment,MafH5.gnomAD.r3.0.GRCh38,methrix,MethylSeqData,minfi,MOFA2,netSmooth,recountmethylation,scmeth,用水晶球占卜,signatureSearch,SingleCellMultiModal
建议我	BiocSklearn,DelayedArray,iSEE,桅杆,mbkmeans,MultiAssayExperiment,scMerge,食物,芝麻,SummarizedExperiment,zellkonverter
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HDF5Array_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	HDF5Array_1.18.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	HDF5Array_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HDF5Array
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HDF5Array
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDF5Array/
包下载报告	下载数据