GreyListChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.GreyListChIP

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GreyListChIP。

灰名单——面具加工品地区基于芯片的输入

Bioconductor版本:3.12

识别区域的芯片实验的高信号输入,导致虚假的峰值在高峰。消除这些区域读取调整峰打电话之前,对清洁芯片分析。

作者:Gord布朗< gdbzork gmail.com >

维护人员:英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) <戈登。布朗在cruk.cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GreyListChIP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GreyListChIP”)

PDF	R脚本	从输入生成灰色名单库
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,DifferentialPeakCalling,GenomeAnnotation,预处理,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.0),方法,GenomicRanges
进口	GenomicAlignments,BSgenome,Rsamtools,rtracklayer,质量平行,GenomeInfoDb,SummarizedExperiment统计,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,BiocGenerics,RUnit
SystemRequirements
增强了	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
URL
取决于我
进口我	DiffBind
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GreyListChIP_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	GreyListChIP_1.22.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GreyListChIP_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GreyListChIP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GreyListChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GreyListChIP/
包下载报告	下载数据