GenomicInteractions

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicInteractions

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GenomicInteractions

处理基因组相互作用数据的实用程序

Bioconductor版本:3.12

用于处理基因组相互作用数据的实用程序,如ChIA-PET或Hi-C,用相互作用信息注释基因组特征,并生成图和汇总统计。

作者:汉斯顿,N., Ing-Simmons, E.,佩里,M., Baresic, A., Lenhard, B.。

维护者:Liz Ing-Simmons < Liz。Ingsimmons在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“GenomicInteractions”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicInteractions”)

超文本标记语言 R脚本 chiapet_vignette.html
超文本标记语言 R脚本 GenomicInteractions-HiC
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImportDataRepresentation基础设施软件
版本 1.24.0
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5),InteractionSet
进口 RsamtoolsrtracklayerGenomicRanges(> = 1.29.6),IRangesBiocGenerics(> = 0.15.3),data.tablestringrGenomeInfoDbggplot2、网格gridExtra、方法、igraphS4Vectors(> = 0.13.13),dplyrGvizBiobase,图形,统计,utils, grDevices
链接
建议 knitrBiocStyletestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ComputationalRegulatoryGenomicsICL/GenomicInteractions/
全靠我
进口我 CAGEfightR
建议我 芝加哥埃尔默sevenC
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GenomicInteractions_1.24.0.tar.gz
Windows二进制 GenomicInteractions_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GenomicInteractions_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicInteractions
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicInteractions
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicInteractions/
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