GenomicFiles

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFiles

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicFiles．

按文件或范围的分布式计算

Bioconductor版本:3.12

这个包为“按文件”或“按范围”分发的并行计算提供了基础设施。用户定义的MAPPER和REDUCER函数为数据组合和操作提供了额外的灵活性。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]， Valerie Obenchain [aut]， Michael Love [aut]， Lori Shepherd [aut]， Martin Morgan [aut]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" genome files ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GenomicFiles”)

PDF	R脚本	基因组文件简介
PDF		参考手册
文本		新闻
视频		从BAM文件读取-第2部分

细节

biocViews	报道，DataImport，遗传学，基础设施，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.1.0)，方法，BiocGenerics(> = 0.11.2),MatrixGenerics，GenomicRanges(> = 1.31.16),SummarizedExperiment，BiocParallel(> = 1.1.0版),Rsamtools(> = 1.17.29),rtracklayer(> = 1.25.3)
进口	GenomicAlignments(> = 1.7.7),IRanges，S4Vectors(> = 0.9.25),VariantAnnotation(> = 1.27.9),GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle，RUnit，genefilter，deepSNV，snpStats，RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14，Biostrings，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	erma
进口我	CAGEfightR，contiBAIT，derfinder，gQTLBase，gQTLstats，ldblock，QuasR，Rqc，VCFArray，yriMulti
建议我	TFutils，TxRegInfra
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GenomicFiles_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	GenomicFiles_1.26.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GenomicFiles_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFiles
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GenomicFiles
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicFiles/
软件包下载报告	下载数据