GenomicFeatures

DOI:10.18129 / B9.bioc.GenomicFeatures

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GenomicFeatures

方便地导入和查询基因模型

Bioconductor版本:3.12

一组工具和方法制造和操作记录为中心的注释。用这些工具,用户可以很容易地下载成绩单的基因组的位置,外显子和cd的给定的有机体,从UCSC基因组浏览器或BioMart数据库(在未来将支持更多的来源)。然后这些信息存储在一个本地数据库,跟踪记录之间的关系,外显子、cd和基因。提供灵活的方法提取所需的功能在一个方便的格式。

作者:m·卡尔森h .页面,p . Aboyoun猎鹰,m·摩根,d . Sarkar m·劳伦斯诉Obenchain

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“GenomicFeatures”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GenomicFeatures”)

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文档

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browseVignettes (“GenomicFeatures”)

PDF R脚本 制造和利用TxDb对象
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,遗传学,GenomeAnnotation,基础设施,测序,软件
版本 1.42.3
Bioconductor自 BioC 2.5 (r - 2.10)(11.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 BiocGenerics(> = 0.1.0),S4Vectors(> = 0.17.29),IRanges(> = 2.13.23),GenomeInfoDb(> = 1.25.7),GenomicRanges(> = 1.31.17),AnnotationDbi(> = 1.41.4)
进口 方法、跑龙套、统计数据、工具DBI,RSQLite(> = 2.0),RCurl,XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),rtracklayer(> = 1.39.7),biomaRt(> = 2.17.1),Biobase(> = 2.15.1)
链接
建议 RMariaDB,org.Mm.eg.db,org.Hs.eg.db,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.3.17),BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.3.17),mirbase.db,FDb.UCSC.tRNAs,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene(> = 2.7.1),TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene(> = 3.4.7),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene(> = 3.4.6),SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38,Rsamtools,pasillaBamSubset(> = 0.0.5),GenomicAlignments(> = 1.15.7),ensembldb,RUnit,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicFeatures
BugReports https://github.com/Bioconductor/GenomicFeatures/issues
取决于我 cpvSNP,ensembldb,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,generegulation,GSReg,吉他,HelloRanges,Homo.sapiens,ima,InPAS,iva,Mus.musculus,mygene,OrganismDbi,先驱者,RareVariantVis,Rattus.norvegicus,RNAprobR,SplicingGraphs,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28,TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau8.refGene,TxDb.Btaurus.UCSC.bosTau9.refGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Cfamiliaris.UCSC.canFam3.refGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene,TxDb.Drerio.UCSC.danRer11.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal4.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal5.refGene,TxDb.Ggallus.UCSC.galGal6.refGene,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.lincRNAsTranscripts,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac10.refGene,TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac3.refGene,TxDb.Mmulatta.UCSC.rheMac8.refGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm39.refGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro4.refGene,TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro5.refGene,TxDb.Ptroglodytes.UCSC.panTro6.refGene,TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.ncbiRefSeq,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn6.refGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer2.sgdGene,TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene,TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr11.refGene,TxDb.Sscrofa.UCSC.susScr3.refGene
进口我 AllelicImbalance,高山,AnnotationHubData,annotatr,APAlyzer,appreci8R,ASpediaFI,ASpli,bambu,BgeeCall,BiocOncoTK,biovizBase,bumphunter,BUSpaRse,CAGEfightR,卡斯珀,ChIPpeakAnno,ChIPQC,ChIPseeker,compEpiTools,CompGO,consensusDE,crisprseekplus,csaw,CSSQ,customProDB,dasper,decompTumor2Sig,DegNorm,derfinder,derfinderPlot,DMRcatedata,EDASeq,eisaR,埃尔默,EpiTxDb,epivizrData,epivizrStandalone,esATAC,EventPointer,exomePeak2,FDb.FANTOM4.promoters.hg19,FDb.InfiniumMethylation.hg18,FDb.InfiniumMethylation.hg19,FDb.UCSC.snp135common.hg19,FDb.UCSC.snp137common.hg19,FDb.UCSC.tRNAs,弗雷泽,GA4GHshiny,genbankr,geneAttribution,geneLenDataBase,GenomicState,GenVisR,ggbio,gmapR,gmoviz,gQTLstats,Gviz,gwascat,希尔达,Homo.sapiens,HTSeqGenie,icetea,检查,感兴趣,karyoploteR,光民,mCSEA,metagene,metaseqR2,methyAnalysis,msgbsR,multicrispr,Mus.musculus,musicatk,NoRCE,ORFik,Organism.dplyr,PGA,高伦雅芙,proBAMr,profileplyr,PureCN,qpgraph,QuasR,Rattus.norvegicus,美国广播公司,rCGH,收回,Rhisat2,RiboProfiling,ribosomeProfilingQC,RNAmodR,scRNAseq,颈背,SGSeq,SplicingGraphs,分裂,srnadiff,systemPipeR,TAPseq,TCGAutils,TFEA.ChIP,trackViewer,transcriptR,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22,TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart25,TxDb.Hsapiens.BioMart.igis,TxDb.Rnorvegicus.BioMart.igis,tximeta,Ularcirc,UMI4Cats,VariantAnnotation,VariantFiltering,VariantTools,wavClusteR
建议我 AnnotationHub,强盗,biomvRCNS,Biostrings,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau3,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau4,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau6,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau8,BSgenome.Btaurus.UCSC.bosTau9,BSgenome.Celegans.UCSC.ce10,BSgenome.Celegans.UCSC.ce11,BSgenome.Celegans.UCSC.ce2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam2,BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm2,BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer10,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer11,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer5,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer6,BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7,BSgenome.Gaculeatus.UCSC.gasAcu1,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3,BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal4,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg17,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac2,BSgenome.Mmulatta.UCSC.rheMac3,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm8,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro2,BSgenome.Ptroglodytes.UCSC.panTro3,BSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn6,CAGEWorkflow,chipseq,chromPlot,CrispRVariants,腰带,curatedAdipoChIP,DEXSeq,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,groHMM,HDF5Array,IRanges,海市蜃楼,MutationalPatterns,网页排名,parathyroidSE,重新计票,RNAmodR.ML,Rsamtools,rtracklayer,ShortRead,Single.mTEC.Transcriptomes,SummarizedExperiment,TFutils,三硝基甲苯,VplotR,wiggleplotr
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源包 GenomicFeatures_1.42.3.tar.gz
Windows二进制 GenomicFeatures_1.42.3.zip
macOS 10.13(高山脉) GenomicFeatures_1.42.3.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GenomicFeatures
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GenomicFeatures
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GenomicFeatures/
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