GeneRegionScan

DOI:10.18129 / B9.bioc.GeneRegionScan

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见GeneRegionScan．

GeneRegionScan

Bioconductor版本:3.12

一个软件包，重点分析基因组的离散区域。这个包对于使用Affymetrix数据调查一个或几个基因非常有用，因为它将使用Affymetrix Power Tools应用程序提取探针级数据，并将这些数据包装到ProbeLevelSet中。ProbeLevelSet直接扩展了expressionSet，但是包含了关于每个探测序列和它所派生的探测集的附加信息。该包包括许多函数，用于绘制这些探针级数据作为沿着mrna链序列的位置函数。这可以用于可变剪接的分析，特别适合用于外显子阵列数据。

作者:Lasse Folkersen, Diego Diez

维护者:Lasse Folkersen

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GeneRegionScan")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GeneRegionScan”)

PDF	R脚本	GeneRegionScan
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，微阵列，OneChannel，单核苷酸多态性，软件，可视化
版本	1.46.0
在Bioconductor	BioC 2.4 (R-2.9)(12年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	方法,Biobase(> = 2.5.5),Biostrings
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Biobase(> = 2.5.5),affxparser，RColorBrewer，Biostrings
链接
建议	BSgenome，affy，AnnotationDbi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GeneRegionScan_1.46.0.tar.gz
Windows二进制	GeneRegionScan_1.46.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GeneRegionScan_1.46.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeneRegionScan
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GeneRegionScan
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GeneRegionScan/
软件包下载报告	下载数据