GWENA

DOI:10.18129 / B9.bioc.GWENA

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GWENA。

为增强co-expression分析管道

Bioconductor版本:3.12

高通量测序技术的发展导致增加使用co-expression分析去超越单一特征(即基因)的焦点。我们建议GWENA(基因整个co-Expression网络分析),设计一个工具来执行基因co-Expression网络分析和探索结果在一个单一的管道。它包括功能性浓缩的模块中的基因,phenotypcal协会、拓扑分析和比较两种情况下的网络配置。

作者:Gwenaelle莱莫恩(aut (cre)

维护人员:Gwenaelle莱莫恩<莱莫恩。在gmail.com gwenaelle >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GWENA”)

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文档

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HTML	R脚本	GWENA-vignette
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细节

biocViews	聚类,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,微阵列,网络,NetworkEnrichment,通路,RNASeq,测序,软件,转录组,可视化,mRNAMicroarray
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	WGCNA(> = 1.67),dplyr(> = 0.8.3),dynamicTreeCut(> = 1.63 - 1),ggplot2(> = 3.1.1),gprofiler2(> = 0.1.6),magrittr(> = 1.5),宠物猫(> = 2.1.1)tidyr(> = 1.0.0),NetRep(> = 1.2.1),igraph(> = 1.2.4.1),RColorBrewer(> = 1.1 - 2),purrr(> = 0.3.3),rlist(> = 0.4.6.1),matrixStats(> = 0.55.0),SummarizedExperiment(> = 1.14.1),stringr(> = 1.4.0)、方法、图形、统计,跑龙套
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr(> = 1.25),rmarkdown(> = 1.16),prettydoc(> = 0.3.0),httr(> = 1.4.1),S4Vectors(> = 0.22.1),BiocStyle(> = 2.15.8)
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/Kumquatum/GWENA/issues
取决于我
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包档案

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源包	GWENA_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	GWENA_1.0.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	GWENA_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GWENA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GWENA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GWENA/
包下载报告	下载数据