GOfuncR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOfuncR

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GOfuncR。

基因本体论浓缩使用函数

Bioconductor版本:3.12

GOfuncR执行基因本体基于本体浓缩富集分析软件函数。GO-annotations得到OrganismDb或OrgDb包(Homo。智人的默认情况下);GO-graph是包含在包和定期更新(23 - 3月- 2020)。GOfuncR提供标准的候选人与背景浓缩使用超几何测试分析,以及三个额外的测试:(i) Wilcoxon rank-sum排名时使用基因测试,(ii)二项测试时使用的基因是与两项和(iii)卡方或确切概率法中使用的情况下与四项相关联的基因。对多个测试和测试的相互依存,family-wise错误率计算基于相关的基因的随机排列变量。GOfuncR还提供了工具来探索本体图和注释,并选择考虑gene-length或空间聚类的基因。坐标,也可以提供自定义的基因注释和本体。

作者:·斯格罗特

维护人员:·斯格罗特<格罗特。施特菲·gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GOfuncR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“GOfuncR”)

HTML	R脚本	介绍GOfuncR
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文本		新闻

细节

biocViews	去,GeneSetEnrichment,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(3年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),vioplot(> = 0.2)
进口	Rcpp(> = 0.11.5),mapplots(> = 1.5),gtools(> = 3.5.0),GenomicRanges(> = 1.28.4),IRanges,AnnotationDbi跑龙套,grDevices、图形、统计数据
链接	Rcpp
建议	Homo.sapiens,BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	ABAEnrichment
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GOfuncR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	GOfuncR_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	GOfuncR_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOfuncR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOfuncR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOfuncR/
包下载报告	下载数据