GOSemSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOSemSim

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅GOSemSim。

GO-terms语义相似性度量

Bioconductor版本:3.12

基因本体的语义比较(去)注释提供量化的方法来计算相似性的基因和基因群体,并成为许多重要基础生物信息学分析方法。GOSemSim是之间的语义相似度计算的R包去,套上,基因产品和集群。Schlicker GOSemSim蕾斯尼克提出的五个方法实现,分别江,林和王。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),阿列克谢Stukalov[所有],肖Chuanle[所有],Lluis里维拉桑丘(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“GOSemSim”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GOSemSim”)

HTML	R脚本	GOSemSim
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,聚类,去,网络,通路,软件
版本	2.16.1
Bioconductor自	BioC 2.4 (r - 2.9)(12年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi,GO.db、方法、跑龙套
链接	Rcpp
建议	AnnotationHub,BiocManager,clusterProfiler,剂量,knitr,org.Hs.eg.db,prettydoc,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/issues
取决于我	tRanslatome
进口我	clusterProfiler,剂量,enrichplot,GAPGOM,网格,Rcpi,rrvgo,simplifyEnrichment,ViSEAGO
建议我	BioCor,epiNEM,小伙子,SemDist
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GOSemSim_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	GOSemSim_2.16.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	GOSemSim_2.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOSemSim
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GOSemSim
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOSemSim/
包下载报告	下载数据