GEOquery

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOquery

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GEOquery

从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据

Bioconductor版本:3.12

NCBI基因表达综合(GEO)是微阵列数据的公共存储库。考虑到这些资源丰富多样的性质,很自然地想要将BioConductor工具应用于这些数据。GEOquery是GEO和BioConductor之间的桥梁。

作者:Sean Davis

维护者:Sean Davis

引文(从R内,输入引用(“GEOquery”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GEOquery")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GEOquery”)

超文本标记语言 R脚本 使用GEOquery
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataImport微阵列OneChannel圣人软件TwoChannel
版本 2.58.0
在Bioconductor BioC 1.8 (R-2.3)(15年)
许可证 GPL-2
取决于 方法,Biobase
进口 httrreadr(> = 1.3.1),xml2dplyrtidyrmagrittrlimma
链接
建议 knitrrmarkdownBiocGenericstestthatcovr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/seandavi/GEOquery
BugReports https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/new
全靠我 DrugVsDiseasedyebiasexamplesGEOmetadbGSE62944扫描。通用产品
进口我 BeadArrayUseCasesbigmelonChIPXpresscoexnetcrossmeta天哪GAPGOMMACPETminfiMoonlightRphantasus重新计票SRAdb
建议我 气道antiProfilesDataAUCellctsGEdearseqdebCAMdiffcoexpdyebiasEpiDISHfgseaGCSscoreGeneExpressionSignaturemultiClustMultiDataSetmuscDataomicsPrintparathyroidSEpathprintPCAtoolsPGSEAprostateCancerCamcapprostateCancerGrassoprostateCancerStockholmprostateCancerTaylorprostateCancerVaramballyRegEnrichRegParallelRGSEARnitsrunibicskewrspatialHeatmapTargetScorezFPKM
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GEOquery_2.58.0.tar.gz
Windows二进制 GEOquery_2.58.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GEOquery_2.58.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOquery
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GEOquery
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GEOquery/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网