gdcrnatools
doi：10.18129/b9.bioc.gdcrnatools
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅gdcrnatools。
GDCRNATOOLS：用于GDC中LNCRNA，mRNA和miRNA数据集成分析的R/生物导体套件
生物导体版本：3.12
这是一个易于使用的软件包，用于下载，组织和综合分析GDC中的RNA表达数据，重点是解密癌症中LNCRNA-MRNA相关的CERNA调节网络。LNCRNA-MIRNA相互作用的三个数据库，包括海绵扫描，星座和Mircode，以及三个数据库，包括Mirtarbase，Starbase和Mircode在内的mRNA-MIRNA相互作用的三个数据库中，用于CERNAS网络构建包装中。Limma，EDGER和DESEQ2可用于鉴定差异表达的基因/miRNA。包括GO，KEGG和DO在内的功能丰富分析可以根据clusterProfiler和DO软件包执行。可以在包装中实施多个基因的单变量COXPH和KM生存分析。除了一些常规可视化功能（例如火山图，条图和KM图）外，开发了一些简单的闪亮应用程序，以促进本地网页上的结果可视化。
作者：Ruidong Li，Han Qu，Shibo Wang，Julong Wei，Le Zhang，Renyuan MA，Jianming Lu，Jianguo Zhu，Wei-De Zhong，Zhenyu Jia
维护者：ucr.edu> ruidong li
引用（从r内，输入引用（“ gdcrnatools”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ gdcrnatools”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，去，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，kegg，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，网络引导，，，，rnaseq，，，，软件，，，，生存，，，，可视化 |
| 版本 | 1.10.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.7（R-3.5）（3年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 3.5.0） |
| 进口 | 闪亮的，，，，jsonlite，，，，rjson，，，，XML，，，，林玛，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，clusterProfiler，，，，剂量，，，，org.hs.eg.db，，，，Biomart，，，，生存，，，，幸存者，，，，PathView，，，，GGPLOT2，，，，GPLOTS，，，，DT，，，，GenomicDataCommons，，，，生物比较 |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | gdcrnatools_1.10.1.tar.gz |
| Windows二进制 | gdcrnatools_1.10.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | gdcrnatools_1.10.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gdcrnatools |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/gdcrnatools |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/gdcrnatools/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
