GAPGOM

DOI:10.18129 / B9.bioc.GAPGOM

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见GAPGOM

GAPGOM(新的基因注释预测和其他GO指标)

Bioconductor版本:3.12

lncRNA注释预测的各种测量方法和工具的集合,放在可重新分发的R包中。该软件包包含两个主要算法;lncRNA2GOA和TopoICSim。lncRNA2GOA试图通过对相关表达数据使用各种相关/几何评分方法来注释新基因(在这个特定情况下是lncRNAs)。关联/评分后,对结果进行注解和丰富。TopoICSim是一种基于拓扑的方法,通过信息含量(IC)比较GO术语之间基于GO DAG拓扑的基因相似性。

作者:Rezvan Ehsani [aut, cre], Casper van Mourik [aut], Finn Drabløs [aut]

维护者:Rezvan Ehsani

引文(从R内,输入引用(“GAPGOM”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("GAPGOM")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GAPGOM”)

超文本标记语言 R脚本 GAPGOM简介
超文本标记语言 R脚本 基准测试和其他GO相似方法
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpressionGenePrediction软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 统计,效用,方法,矩阵fastmatchplyrdplyrmagrittrdata.tableigraphRBGLGO.dborg.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dbGOSemSimGEOqueryAnnotationDbiBiobaseBiocFileCachematrixStats
链接
建议 org.Dm.eg.dborg.Rn.eg.dborg.Sc.sgd.dborg.Dr.eg.dborg.Ce.eg.dborg.At.tair.dborg.EcK12.eg.dborg.Bt.eg.dborg.Cf.eg.dborg.Ag.eg.dborg.EcSakai.eg.dborg.Gg.eg.dborg.Pt.eg.dborg.Pf.plasmo.dborg.Mmu.eg.dborg.Ss.eg.dborg.Xl.eg.dbtestthatpryrknitrrmarkdownprettydocggplot2kableExtraprofvisreshape2
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Berghopper/GAPGOM/
BugReports https://github.com/Berghopper/GAPGOM/issues/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GAPGOM_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 GAPGOM_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GAPGOM_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GAPGOM
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GAPGOM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GAPGOM/
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