这个包裹是弃用.它可能会从Bioconductor中移除。详情请参阅包装寿命终止指南获取更多信息。
此包适用于Bioconductor 3.12版。此包已从Bioconductor中删除。有关最新的稳定发布版本,请参见FunciSNP.data.
Bioconductor版本:3.12
FunciSNP整合了来自GWAS、1000个基因组和染色质特征的信息,以识别编码或非编码区域的功能性SNP。
作者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>和Houtan Noushmehr,博士< Houtan at usp.br>
维护者:Simon G. Coetzee < Simon at simoncoetzee.com>
引文(从R内,输入引用(“FunciSNP”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("FunciSNP")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“FunciSNP”)
R脚本 | FunciSNP装饰图案 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 注释,DataImport,DataRepresentation,基础设施,SequenceMatching,软件 |
版本 | 1.34.0 |
在Bioconductor | BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 2.14.0),ggplot2,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,FunciSNP.data |
进口 | 方法,BiocGenerics,Biobase,S4Vectors,IRanges,GenomicRanges,Rsamtools(> = 1.6.1),rtracklayer(> = 1.14.1),ChIPpeakAnno(> = 2.2.0),VariantAnnotation,plyr,snpStats,ggplot2(> = 0.9.0),重塑(> = 0.8.4),尺度 |
链接 | |
建议 | org.Hs.eg.db |
SystemRequirements | |
增强了 | 平行 |
URL | http://coetzeeseq.usc.edu/publication/Coetzee_SG_et_al_2012/ |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | FunciSNP_1.34.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
macOS 10.13 (High Sierra) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FunciSNP |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FunciSNP |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/FunciSNP/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |