FunChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.FunChIP

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见FunChIP．

基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐

Bioconductor版本:3.12

对ChIP-Seq峰值进行预处理和平滑，并有效实现k-mean对齐算法对其进行分类。

作者:Alice Parodi [aut, cre]， Marco Morelli [aut, cre]， Laura M. Sangalli [aut]， Piercesare Secchi [aut]， Simone Vantini [aut]

维护者:Alice Parodi

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("FunChIP")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FunChIP”)

PDF	R脚本	FunChIP简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，聚类，软件，StatisticalMethod
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.2)，GenomicRanges
进口	闪亮的，食品及药物管理局，doParallel，GenomicAlignments，Rcpp、方法、foreach平行,GenomeInfoDb，Rsamtools， grDevices，图形，统计，RColorBrewer
链接	Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FunChIP_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	FunChIP_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	FunChIP_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FunChIP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FunChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FunChIP/
软件包下载报告	下载数据