弗雷泽

DOI:10.18129 / B9.bioc.FRASER

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见弗雷泽

在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件

Bioconductor版本:3.12

在转录组谱中罕见异常剪接事件的检测。该工作流程旨在协助罕见疾病领域的诊断,其中执行RNA-seq以识别异常剪接缺陷。

作者:Christian Mertes [aut, cre], Ines Scheller [aut], Vicente Yepez [ctb], Julien Gagneur [aut]

维护者:Christian Mertes < Mertes at in.tum.de>

引文(从R内,输入引用(FRASER)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("FRASER")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes (FRASER)

PDF R脚本 弗雷泽:在RNA-seq数据中发现罕见的剪接even
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicing报道遗传学RNASeq测序软件
版本 1.2.1 "
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 BiocParalleldata.tableRsamtoolsSummarizedExperiment
进口 AnnotationDbiBBmiscBiobaseBiocGenericsbiomaRtBSgenomecowplotDelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStatsextraDistr泛型GenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicFeaturesGenomicRangesIRangesgrDevices,ggplot2ggrepelHDF5ArraymatrixStats、方法、先驱者pcaMethodspheatmap情节PRROCRColorBrewerrhdf5RsubreadR.utilsS4Vectors统计数据,宠物猫,工具,utils,VGAM
链接 RcppRcppArmadillo
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatcovrTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneorg.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/gagneurlab/FRASER
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 FRASER_1.2.1.tar.gz
Windows二进制 FRASER_1.2.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) FRASER_1.2.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FRASER
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FRASER/
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