FGNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.FGNet

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见FGNet

功能基因网络来源于生物富集分析

Bioconductor版本:3.12

在多个注释空间中,从富集分析的聚类中构建并可视化功能基因和术语网络。该软件包包括一个图形用户界面(GUI)和通过DAVID、GeneTerm Linker、gage (GSEA)和topGO执行功能丰富分析的功能。

作者:Sara Aibar, Celia Fontanillo, Conrad Droste和Javier De Las Rivas。

维护者:Sara Aibar

引文(从R内,输入引用(“FGNet”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("FGNet")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“FGNet”)

超文本标记语言 R脚本 FGNet
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释聚类FunctionalGenomicsGeneSetEnrichment网络NetworkEnrichment通路软件可视化
版本 3.24.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(7.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.15)
进口 igraph(> = 0.6),hwriterR.utilsXMLplotrixreshape2RColorBrewerpng,方法,统计,utils,图形,grDevices
链接
建议 RCurlRDAVIDWebServicetopGOGO.dbreactome.dbRUnitBiocGenericsorg.Sc.sgd.dbknitrrmarkdownAnnotationDbiRGtk2BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL http://www.cicancer.org
全靠我
进口我 IntramiRExploreR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 FGNet_3.24.0.tar.gz
Windows二进制 FGNet_3.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) FGNet_3.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FGNet
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FGNet
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FGNet/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网