ExperimentHub

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExperimentHub

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ExperimentHub。

客户端访问ExperimentHub资源

Bioconductor版本:3.12

这个包提供了一个客户Bioconductor ExperimentHub web资源。ExperimentHub策划提供了一个中央位置的数据实验,出版物或培训课程可以访问。每个资源都有关联的元数据,标记和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存的文件检索允许快速和可再生的访问。

作者:Bioconductor包维护者(cre),马丁•摩根(aut)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],瓦莱丽Oberchain[所有],凯拉莫雷尔[所有],Lori牧羊人(aut)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ExperimentHub”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ExperimentHub”)

HTML	R脚本	创建一个ExperimentHub包
HTML	R脚本	ExperimentHub: ExperimentHub Web服务的访问
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics(> = 0.15.10),AnnotationHub(> = 2.19.3),BiocFileCache(> = 1.5.1)
进口	跑龙套,S4Vectors,BiocManager,旋度,rappdirs
链接
建议	knitr,BiocStyle,rmarkdown
SystemRequirements
增强了	ExperimentHubData
URL
BugReports	https://github.com/Bioconductor/ExperimentHub/issues
取决于我	adductomicsR,alpineData,benchmarkfdrData2019,biscuiteerData,bodymapRat,brainImageRdata,CellMapperData,clustifyrdatahub,curatedAdipoChIP,curatedMetagenomicData,DMRcatedata,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,HDCytoData,HighlyReplicatedRNASeq,HumanAffyData,mcsurvdata,MetaGxBreast,MetaGxOvarian,MetaGxPancreas,muscData,NanoporeRNASeq,NestLink,restfulSEData,RNAmodR.Data,SCATEData,SeqSQC,sesameData,鞑靼,tcgaWGBSData.hg19
进口我	adductData,celldex,chipseqDBData,CLLmethylation,CopyNeutralIMA,curatedTCGAData,depmap,DMRcate,DropletTestFiles,DuoClustering2018,ENmix,ExperimentHubData,FieldEffectCrc,GSEABenchmarkeR,HarmonizedTCGAData,HCAData,HMP16SData,HMP2Data,MethylSeqData,MouseGastrulationData,PhyloProfile,PhyloProfileData,pwrEWAS.data,restfulSE,scRNAseq,signatureSearch,signatureSearchData,SingleCellMultiModal,singleCellTK,spatialLIBD,TabulaMurisData,TENxBrainData,TENxBUSData,TENxPBMCData
建议我	曾帮工,AnnotationHub,bambu,celaref,celarefData,CellMapper,curatedAdipoArray,DEqMS,GSE62944,HDF5Array,missMethyl,马斯喀特,recountmethylation,tissueTreg
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ExperimentHub_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	ExperimentHub_1.16.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	ExperimentHub_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExperimentHub
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExperimentHub
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ExperimentHub/
包下载报告	下载数据