该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅DEBLUSTER。
生物导体版本:3.12
Dextuster将ENSEMBL和GENCODE GTF文件扁平化为GFF文件,这些文件用于计算BAM文件中每个非重叠外显子箱的读取。此读取计数是使用包RSubread的函数fartialecounts完成的。在所有生物学重复的情况下,库大小都归一化,然后Deboruster比较了两个不同的条件,以检测明显的差异基因。这个过程需要至少两个独立的生物学补救,而Deboruster一次仅接受两个条件。Dextuster最终会产生每个基因的错误发现率(FDR),用于检测显着性。外显子log2折叠变化(log2FC)均值和方差可以为每个显着差异的基因绘制,这有助于科学家发展假设并靶向湿法实验室中RT-QPCR验证的差异剪接事件。
作者:R。MatthewTanner,William L. Stanford和Theodore J. Perkins
维护者:R。Matthew Tanner
引用(从r内,输入引用(“ dextuster”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ dercorduster”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
browsevignettes(“ dercorduster”)
R脚本 | DERSTUSTER VIGNETTE | |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 差速器,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,软件 |
版本 | 1.8.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.8(R-3.5)(2。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | rsubread,,,,基因组机,,,,rtracklayer,,,,矩阵,,,,iranges |
进口 | 统计,方法,grdevices,图形,utils |
链接 | |
建议 | |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | dextustruster_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
MacOS 10.13(高山脉) | dextuster_1.8.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/excluster |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:套餐/dercorter |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/excluster/ |
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