埃尔默
doi：10.18129/b9.bioc.elmer
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅埃尔默。
使用癌症甲基团推断调节元件景观和转录因子网络
生物导体版本：3.12
Elmer被设计为使用大量样品中的DNA甲基化和基因表达，用于原代组织中的输液调节元件景观和转录因子网络。
作者：Tiago Chedraoui Silva [AUT，CRE]，Lijing Yao [aut]，Simon Coetzee [aut]，Nicole Gull [CTB]，Hui Shen [CTB]，Peter Laird [CTB]，Peggy Farnham [aut]，DeChen Li [aut]CTB]，本杰明·伯曼[aut]
维护者：tiago chedraoui silva
引用（从r内，输入引用（“ Elmer”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ elmer”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Elmer”）
| html | R脚本 | 1 -Elmer v.2：R/生物导体包，用于从DNA甲基化和转录组轮廓重建基因调节网络 |
| html | R脚本 | 11 -Elmer：用例 |
| html | R脚本 | 2-简介：输入数据 |
| html | R脚本 | 3.1-数据输入 - 创建MAE对象 |
| html | R脚本 | 3.2-识别差异甲基化探针 |
| html | R脚本 | 3.3-识别推定的探针对 |
| html | R脚本 | 3.4-对所选探针的基序富集分析 |
| html | R脚本 | 3.5-识别监管TFS |
| html | R脚本 | 3.6 -tcga.pipe：以紧凑的方式运行tcga数据的Elmer |
| html | R脚本 | 4.1-散点图 |
| html | R脚本 | 4.2-示意图 |
| html | R脚本 | 4.3-图案富集图 |
| html | R脚本 | 4.4-监管TF图 |
| html | R脚本 | 4.5-热图图 |
| html | R脚本 | 5-具有TCGABIOLINKS和ELMER的综合分析研讨会 - GUI分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | DNAMETHYLATY，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，图案，，，，网络，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 2.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（5。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | r（> = 3.4.0），Elmer.Data（> = 2.9.3） |
| 进口 | 基因组机，，，，GGPLOT2，，，，重塑，网格，grdevices，图形，方法，并行，统计，utils，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS，，，，GenomicFeatures，，，，tcgabiolinks（> = 2.9.2），plyr，，，，矩阵，，，，dplyr，，，，GVIZ，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，多亚sayExexperiment，，，，总结性特征，，，，Biomart，，，，多帕尔，，，，下载器，，，，Ggrepel，，，，格子，，，，马格里特，，，，readr，，，，秤，，，，rvest，，，，XML2，，，，情节，，，，栅格，，，，rmarkDown，，，，Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，，，，进步，，，，purrr，，，，RESHAPE2，，，，ggpubr，，，，rtracklayer，，，，延迟 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，测试，，，，Data.Table，，，，DT，，，，基因组间，，，，Webshot，，，，r.utils，，，，COVR，，，，Sesamedata |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | elmer_2.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | elmer_2.14.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | elmer_2.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/elmer |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/Elmer |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/elmer/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
