EGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.EGSEA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见EGSEA．

基因集富集分析集成

Bioconductor版本:3.12

这个软件包实现了基因集富集分析集成(EGSEA)方法用于基因集测试。

作者:Monther Alhamdoosh, Luyi Tian, Milica Ng和Matthew Ritchie

维护者:Monther Alhamdoosh

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("EGSEA")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EGSEA”)

PDF	R脚本	EGSEA装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GeneSignaling，GeneTarget，遗传学，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，KEGG，代谢组学，微阵列，MultipleComparison，网络，NetworkEnrichment，OneChannel，通路，蛋白质组学，RNASeq，测序，软件，SystemsBiology，TwoChannel
版本	1.18.1
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，Biobase，计(> = 2.14.4),AnnotationDbi，topGO(> = 2.16.0),pathview(> = 1.4.2)
进口	PADOG(> = 1.6.0),GSVA(> = 1.12.0),globaltest(> = 5.18.0),limma(> = 3.20.9),刨边机(> = 3.6.8),HTMLUtils(> = 0.1.5),hwriter(> = 1.2.2),gplots(> = 2.14.2),ggplot2(> = 1.0.0),安全(> = 3.4.0),stringi(>= 0.5.0)，并行，统计，metap， grDevices，图形，utils，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Rn.eg.db，RColorBrewer、方法、EGSEAdata(> = 1.3.1),Glimma(> = 1.4.0),htmlwidgets，情节，DT
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	EGSEA123
进口我
建议我	EGSEAdata
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EGSEA_1.18.1.tar.gz
Windows二进制	EGSEA_1.18.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	EGSEA_1.18.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EGSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EGSEA/
软件包下载报告	下载数据