EGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.EGSEA

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见EGSEA

基因集富集分析集成

Bioconductor版本:3.12

这个软件包实现了基因集富集分析集成(EGSEA)方法用于基因集测试。

作者:Monther Alhamdoosh, Luyi Tian, Milica Ng和Matthew Ritchie

维护者:Monther Alhamdoosh

引文(从R内,输入引用(“EGSEA”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("EGSEA")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“EGSEA”)

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文本 新闻

细节

biocViews 分类DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichmentGeneSignalingGeneTarget遗传学GraphAndNetworkImmunoOncologyKEGG代谢组学微阵列MultipleComparison网络NetworkEnrichmentOneChannel通路蛋白质组学RNASeq测序软件SystemsBiologyTwoChannel
版本 1.18.1
在Bioconductor BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5),Biobase(> = 2.14.4),AnnotationDbitopGO(> = 2.16.0),pathview(> = 1.4.2)
进口 PADOG(> = 1.6.0),GSVA(> = 1.12.0),globaltest(> = 5.18.0),limma(> = 3.20.9),刨边机(> = 3.6.8),HTMLUtils(> = 0.1.5),hwriter(> = 1.2.2),gplots(> = 2.14.2),ggplot2(> = 1.0.0),安全(> = 3.4.0),stringi(>= 0.5.0),并行,统计,metap, grDevices,图形,utils,org.Hs.eg.dborg.Mm.eg.dborg.Rn.eg.dbRColorBrewer、方法、EGSEAdata(> = 1.3.1),Glimma(> = 1.4.0),htmlwidgets情节DT
链接
建议 BiocStyleknitrtestthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 EGSEA123
进口我
建议我 EGSEAdata
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 EGSEA_1.18.1.tar.gz
Windows二进制 EGSEA_1.18.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) EGSEA_1.18.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EGSEA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EGSEA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/EGSEA/
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