DeMixT

DOI:10.18129 / B9.bioc.DeMixT

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DeMixT。

细胞特定类型反褶积的异构肿瘤样本与两个或三个组件使用表达式RNAseq或微阵列平台的数据

Bioconductor版本:3.12

DeMixT软件包,执行反褶积在转录组数据来自两个或三个组件的混合物。

作者:王结雅河边上,< zw17。大米在gmail.com >,曹Shaolong < scao mdanderson.org >, Wenyi王在mdanderson.org < wwang7 >

维修工:曹Shaolong < scao mdanderson.org >,彭杨< pyang7 mdanderson.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DeMixT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DeMixT”)

HTML	R脚本	DeMixT.Rmd
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,报道,GeneExpression,微阵列,测序,软件,StatisticalMethod,TissueMicroarray
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R(> = 3.6.0),并行,Rcpp(> = 1.0.0),SummarizedExperiment,knitr,KernSmooth,matrixcalc
进口	matrixStats统计数据,truncdist,base64enc,ggplot2
链接	Rcpp
建议
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DeMixT_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DeMixT_1.6.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	DeMixT_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DeMixT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DeMixT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DeMixT/
包下载报告	下载数据