DSS

DOI:10.18129 / B9.bioc.DSS

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DSS

测序数据的离散度收缩

Bioconductor版本:3.12

DSS是一个对基于计数的测序数据进行差分分析的R库。它从RNA-seq检测差异表达基因(DEGs),从亚硫酸氢盐测序(BS-seq)检测差异甲基化位点或区域(DML/DMRs)。DSS的核心是从γ -泊松分布或β -二项分布估计色散参数的一种新的色散收缩方法。

作者:郝武<郝。吴在emory.edu>,郝峰

维护人员:Hao Wu < Hao。吴在emory.edu>,郝峰

引文(从R内,输入引用(DSS)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DSS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes (DSS)

超文本标记语言 R脚本 DSS用户指南
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationDifferentialExpressionDifferentialMethylationGeneExpressionRNASeq测序软件
版本 2.38.0
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(8.5年)
许可证 GPL
取决于 R(>= 3.3),方法,BiobaseBiocParallelbsseq
进口 Utils,图形,统计,样条,DelayedArray
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 DMRcatekissDEmetaseqR2MethCPmethylSig
建议我 biscuiteermethrixNanoMethViz适当的
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DSS_2.38.0.tar.gz
Windows二进制 DSS_2.38.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) DSS_2.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DSS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DSS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DSS/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网