DRIMSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DRIMSeq

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DRIMSeq．

RNA-seq中dirichlet多项模型的差异转录本使用和tuQTL分析

Bioconductor版本:3.12

这个包提供了两个框架。一个用于不同条件下的差异转录本使用分析，一个用于tuQTL分析。两者都是基于dirichlet -多项分布对基因组特征(即转录本)的计数进行建模。该包还提供了用于数据和结果的可视化和探索的函数。

作者:Malgorzata Nowicka [aut, cre]

维护者:Malgorzata Nowicka

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DRIMSeq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DRIMSeq”)

PDF	R脚本	RNA-seq中DRIMSeq包的差异转录本使用和转录本使用QTL分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GeneExpression，遗传学，ImmunoOncology，MultipleComparison，RNASeq，单核苷酸多态性，测序，软件，WorkflowStep
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.4.0)
进口	跑龙套,统计数据,质量，GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocGenerics、方法、BiocParallel，limma，刨边机，ggplot2，reshape2
链接
建议	PasillaTranscriptExpr，GeuvadisTranscriptExpr、网格BiocStyle，knitr，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	rnaseqDTU
进口我	强盗，IsoformSwitchAnalyzeR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DRIMSeq_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	DRIMSeq_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DRIMSeq_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DRIMSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DRIMSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DRIMSeq/
软件包下载报告	下载数据