DNABarcodeCompatibility

DOI:10.18129 / B9.bioc.DNABarcodeCompatibility

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DNABarcodeCompatibility。

下一代测序平台上用于多路复用实验的DNA条形码组合优化工具

Bioconductor版本:3.12

该软件包允许人们获得用于多重测序的DNA条形码的优化组合。在每个条形码组合中，条形码根据Illumina化学约束进行汇集。可以对组合进行筛选，以保持那些对替换和插入/删除错误具有健壮性的组合，从而促进解复用步骤。此外，该包还提供了一个优化器功能，以进一步支持在条形码使用中以最小的异质性选择条形码组合。

作者:Céline Trébeau [cre]，雅克·布特·德·蒙维尔[au]，黄俊泰[ctb]， Raphaël Etournay [aut]

维护:Céline Trébeau

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" dnabarcodecomcompatibility ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DNABarcodeCompatibility”)

超文本标记语言	R脚本	dnabarcodecomcompatibility简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	预处理，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	dplyr，tidyr，数字，purrr，stringr，DNABarcodes，统计，utils，方法
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/comoto-pasteur-fr/DNABarcodeCompatibility/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DNABarcodeCompatibility_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	DNABarcodeCompatibility_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	DNABarcodeCompatibility_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DNABarcodeCompatibility
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ dnabarcodecomcompatibility
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DNABarcodeCompatibility/
软件包下载报告	下载数据