DMRforPairs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRforPairs

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DMRforPairs。

DMRforPairs:确定独特的样本之间的差异甲基化区域使用基于数组的甲基化配置文件

Bioconductor版本:3.12

DMRforPairs(以前DMR2 +)允许研究人员比较独特n > = 2样品对甲基化概要文件。n的(成对)比较独特的单一样本DMRforPairs有别于其他现有管道往往比较组样品单CpG位点或地区基础分析。DMRforPairs将感兴趣的区域定义为基因组范围有足够探针位于靠近对方。探测器在一个地区可选注释相同的功能类(es)。评估差异甲基化通过比较个人之间的甲基化值在每个地区样本和(如果不同之处在于足够大),正式测试这种差异统计学意义。

作者:马丁Rijlaarsdam (aut (cre),伊冯vd Zwan (aut),兰伯特Dorssers (aut) Leendert Looijenga (aut)

维护人员:马丁Rijlaarsdam <硕士。在gmail.com rijlaarsdam >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DMRforPairs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	DMRforPairs_vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DNAMethylation,DifferentialMethylation,微阵列,ReportWriting,软件,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(7年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.15.2),Gviz(> = 1.2.1),R2HTML(> = 2.2.1),GenomicRanges(> = 1.10.7)平行
进口
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建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.martinrijlaarsdam.nlhttp://www.erasmusmc.nl/pathologie/research/lepo/3898639/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DMRforPairs_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	DMRforPairs_1.26.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	DMRforPairs_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRforPairs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DMRforPairs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRforPairs/
包下载报告	下载数据