DMRcate

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRcate

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见DMRcate．

甲基化阵列和测序空间分析方法

Bioconductor版本:3.12

使用全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS)和Illumina Infinium阵列(450K和EPIC)数据从人类基因组中重新鉴定和提取差异甲基化区域(DMRs)。提供过滤可能被snp和交叉杂交混淆的探针的功能。包括GRanges生成和绘图功能。

作者:蒂姆·彼得斯

维护人员:Tim Peters

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("DMRcate")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRcate”)

PDF	R脚本	DMRcate包使用指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DNAMethylation，DataImport，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，表观遗传学，GeneExpression，遗传学，GenomeAnnotation，MethylationArray，微阵列，MultipleComparison，OneChannel，预处理，质量控制，测序，软件，TimeCourse，TwoChannel，WholeGenome
版本	2.4.1
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(7年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.6.0)，minfi，SummarizedExperiment
进口	ExperimentHub，bsseq，GenomeInfoDb，limma，刨边机，DSS，missMethyl，GenomicRanges、方法、图形、plyr，Gviz，IRanges，统计，utils，S4Vectors
链接
建议	knitr，RUnit，BiocGenerics，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	冠军，methylationArrayAnalysis
进口我
建议我	missMethyl
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRcate_2.4.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	DMRcate_2.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRcate
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRcate
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRcate/
软件包下载报告	下载数据